สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ (พระเจ้าอู่ทอง)
สมเด็จพระเจ้าอู่ทอง ทรงเป็นปฐมกษัตริย์ของกรุงศรีอยุธยา เสด็จพระราชสมภพเมื่อปี พ.ศ. ๑๘๗๕ ทรงสถาปนาอยุธยาเป็นราชธานี เมื่อปี พ.ศ.๑๘๙๓ ปีขาล โทศก ณ วันศุกร์ เดือนห้า เพลาสามนาฬิกา ห้าบาท ได้รับถวายพระนามว่า สมเด็จพระรามาธิบดีศรีสุนทรบรมบพิตรพระเจ้าอยู่หัว กรุงเทพมหานครบวรทวาราวดีศรีอยุธยา ฯ ทรงครองราชย์ระหว่างปี พ.ศ.๑๘๙๓ - ๑๙๑๒
สมเด็จพระเจ้าอู่ทองทรงตั้งกรุงศรีอยุธยา ณ ชัยภูมิที่เอื้ออำนวยทั้งในด้านความมั่นคงปลอดภัยจากข้าศึกและความอยู่ดีกินดีของชาวอยุธยา คือตั้งอยู่บนดินดอนสามเหลี่ยมที่มีแม่น้ำล้อมรอบ ตัวเมืองมีลักษณะเป็นเกาะ สะดวกในการป้องกันตัวเมืองจากผู้เข้ามารุกราน และพื้นที่เหมาะแก่การเกษตรกรรม เป็นศูนย์กลางทางการค้าและการคมนาคม อันเนื่องจากมีแม่น้ำสามสายคือ แม่น้ำเจ้าพระยา แม่น้ำป่าสัก และแม่น้ำลพบุรี ไหลมาบรรจบกัน ควบคุมเส้นทางคมนาคมทางน้ำของบรรดาบ้านเมืองที่ อยู่เหนือขึ้นไปที่จะออกสู่ทะเล
สมเด็จพระเจ้าอู่ทองทรงนำลักษณะการปกครองทั้งของไทยโดยเฉพาะอย่างยิ่งของกรุงสุโขทัย และของขอม มาประยุกต์ใช้กับกรุงศรีอยุธยา ได้จัดการปกครองบรรดาหัวเมืองต่าง ๆ ในราชอาณาจักร ออกเป็น หัวเมืองชั้นใน หัวเมืองชั้นนอก และหัวเมืองประเทศราช ทรงโปรดเกล้า ฯ ให้สมเด็จพระราเมศวร พระราชโอรส ไปครองเมืองลพบุรี และขุนหลวงพะงั่ว ผู้เป็นพี่พระมเหสี ไปครองเมืองสุพรรณบุรี
ในด้านการแผ่ขยายพระราชอาณาเขต ในปีพ.ศ.๑๘๙๕ ได้ทรงโปรดเกล้าฯ ให้ยกทัพไปตีนครธม ราชธานีของขอมได้สำเร็จ นับเป็นการทำสงครามครั้งแรกของกรุงศรีอยุธยา ต่อมาในปีพ.ศ. ๑๘๙๗ ได้ทรงโปรดเกล้า ฯ ให้ยกทัพไปยึดเมืองชัยนาท ซึ่งเป็นเมืองหน้าด่านของอาณาจักรสุโขทัย เป็นผลให้พระเจ้าลิไทได้ส่งราชทูตมาขอเป็นไมตรีกับกรุงศรีอยุธยา และขอเมืองชัยนาทคืน
นอกจากขอมและสุโขทัยแล้ว พระองค์ได้ทรงสร้างสัมพันธไมตรีกับชาวต่างชาติ เพื่อประโยชน์ทางการค้าและการเมือง โดยได้ทรงแต่งราชทูตไปเจริญทางพระราชไมตรี และการค้ากับจีน อินเดีย เปอร์เซีย ลังกา ชวา มลายูและญวน
สมเด็จพระเจ้าอู่ทองครองราชย์ได้ ๑๙ ปี เสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๑๙๑๒ พระชนมายุได้ ๕๕ พรรษา
สมเด็จพระราเมศวร
สมเด็จพระราเมศวร ทรงเป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระเจ้าอู่ทอง ทรงครองราชย์สองครั้งคือ ครั้งแรกต่อจากสมเด็จพระเจ้าอู่ทอง ระหว่างปี พ.ศ.๑๙๑๒ - ๑๙๒๓ และครั้งที่สอง ต่อจากสมเด็จพระบรมราชาธิราช (ขุนหลวงพะงั่ว) ระหว่างปี พ.ศ.๑๙๓๑ - ๑๙๓๘
ก่อนขึ้นครองราชย์ สมเด็จพระราเมศวรได้รับโปรดเกล้า ฯ จากสมเด็จพระเจ้าอู่ทอง ให้ครองเมืองลพบุรี ซึ่งเป็นเมืองลูกหลวง และเป็นเมืองหน้าด่านทางด้านเหนือของกรุงศรีอยุธยา ต่อมาเมื่อทางกัมพูชาไม่เป็นไมตรีกับทางกรุงศรีอยุธยาที่เรียกว่า ขอมแปรพักตร์ ก็ได้รับโปรดเกล้า ฯ ให้ยกทัพไปตีนครธม ราชธานีของขอม ร่วมกับขุนหลวงพะงั่ว จนตีนครธมได้สำเร็จ
ในปี พ.ศ.๑๙๑๓ ขุนหลวงพะงั่วได้ยกกำลังจากเมืองสุพรรณบุรี มายังกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระราเมศวรทรงเชิญเสด็จเข้าพระนครแล้วถวายราชสมบัติให้ ส่วนพระองค์เองขึ้นไปครองเมืองลพบุรีดังเดิม
เมื่อขุนหลวงพะงั่วสิ้นพระชนม์ในปี พ.ศ.๑๙๓๑ สมเด็จพระเจ้าทองลันผู้เป็นพระราชโอรส ได้ขึ้นครองราชย์ได้เจ็ดวัน สมเด็จพระราเมศวรก็ยกกำลังจากเมืองลพบุรี จับพระเจ้าทองลันสำเร็จโทษ แล้วขึ้นครองราชย์ต่อมา
ในรัชสมัยของพระองค์ได้ทรงทำสงครามแผ่ขยายราชอาณาเขตกรุงศรีอยุธยาออกไปยังอาณาจักรล้านนา และอาณาจักรขอมกล่าวคือ
ในปี พ.ศ.๑๙๓๓ ทรงยกกองทัพไปตีเมืองเชียงใหม่ ในชั้นแรกเจ้าเมืองเชียงใหม่ขอสงบศึก และจะนำเครื่องราชบรรณาการมาถวาย แต่สุดท้ายไม่ได้ทำตามสัญญา พระองค์จึงยกกำลังเข้าตีเมืองเชียงใหม่ได้ จับนักสร้าง โอรสพระเจ้าเชียงใหม่ได้ แล้วกวาดต้อนผู้คนลงมาทางใต้ ให้ไปอยู่ที่เมืองจันทบุรี นครศรีธรรมราช พัทลุง และสงขลา
หลังจากตีเชียงใหม่แล้วก็ได้ยกกำลังไปทำสงครามกับอาณาจักรขอม เนื่องจากทางขอมได้ยกกำลังมากวาดต้อนผู้คนชาวเมืองจันทบุรี และเมืองชลบุรี ไปประมาณ ๖,๐๐๐ - ๗,๐๐๐ คน พระองค์ได้โปรดเกล้า ฯ ให้พระยาไชยณรงค์เป็นแม่ทัพหน้า เมื่อตีเมืองขอมได้แล้วจึงได้นำชาวเมืองจันทบุรี และเมืองชลบุรีกลับคืนมา แล้วโปรดเกล้า ฯ ให้พระยาไชยณรงค์ปกครองเมืองขอม พร้อมกับกำลังพล ๕,๐๐๐ คน ต่อมาเมื่อญวนยกกำลังมารบ พระองค์จึงให้พระยาไชยณรงค์กวาดต้อนผู้คนมายังกรุงศรีอยุธยา
สมเด็จพระราเมศวรเสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๑๙๓๘ ครองราชย์ได้ ๘ ปี
สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ (ขุนหลวงพะงั่ว)
สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๑ มีพระนามเดิมว่า ขุนหลวงพะงั่ว ทรงเป็นพระเชษฐาของพระมเหสีในสมเด็จพระเจ้าอู่ทอง เดิมครองเมืองสุพรรณบุรี พระองค์ทรงเป็นนักรบที่สามารถ ตั้งแต่ในรัชสมัยพระเจ้าอู่ทอง
ในรัชสมัยของพระองค์ ได้ยกกำลังไปตีหัวเมืองเหนือหลายครั้ง โดยได้ไปตีเมืองชากังราวสามครั้ง เนื่องจากเป็นเมืองที่กรุงสุโขทัยใช้เป็นเมืองหน้าด่าน จากการรุกเข้าโจมตีของกรุงศรีอยุธยา
ขุนหลวงพะงั่วได้ส่งราชทูตไปเจริญพระราชไมตรีกับจักรพรรดิจีนหลายครั้ง มีการแลกเปลี่ยนเครื่องราชบรรณาการซึ่งกัน และกันทางไทยได้ส่งช้าง เต่าหกขา หมีดำ ลิงเผือกและของพื้นเมืองอื่น ๆ ไปถวาย ทางจีนได้ส่งผ้าแพรดอกขาว ผ้าแพรสี ผ้าไหมสีเงินทอง และปฏิทินหลวงมาถวาย
ในด้านพระพุทธศาสนา พระองค์ไม่เพียงแต่เป็นองค์เอกอัครศาสนูปปถัมภกเช่นเดียวกันกับพระมหากษัตริย์องค์ก่อน และแม้ว่าจะอยู่ในช่วงต้น ๆ ของการสถาปนากรุงศรีอยุธยา และต้องทำศึกสงครามเพื่อความมั่นคงปลอดภัยของพระราชอาณาจักร พระองค์ยังได้สร้างถาวรวัตถุทางพระพุทธศาสนาขนาดใหญ่ คือ พระศรีรัตนมหาธาตุ ซึ่งมีความสูงถึง ๑๙ วา
ขุนหลวงพะงั่วเสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๑๙๓๑ ครองราชย์ได้ ๑๘ ปี
สมเด็จพระเจ้าทองลัน (ทองจันทร์)
สมเด็จพระเจ้าทองลัน ทรงเป็นพระราชโอรส ในขุนหลวงพะงั่ว เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ.๑๙๑๗ เมื่อขุนหลวงพะงั่ว เสด็จสวรรคตขณะที่ทรงยกทัพไปตีเมืองชากังราวครั้งที่สี่ บรรดาข้าราชการจึงได้อัญเชิญพระองค์ซึ่งทรงเป็นรัชทายาทขึ้นครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๑๙๓๑ ขณะที่มีพระชนมายุได้ ๑๕ พรรษา
พระเจ้าทองลันครองราชย์อยู่ได้เจ็ดวัน ก็เสด็จสวรรคตในปีเดียวกัน
สมเด็จพระรามราชาธิราช
สมเด็จพระรามราชาธิราช ทรงเป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระราเมศวร เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปีพ.ศ.๑๘๙๙ ที่เมืองลพบุรี ทรงพระนามว่าเจ้าพระยาราม เสด็จขึ้นครองราชย์ เมื่อปีพ.ศ. ๑๙๓๘ พระชนมายุได้ ๔๐ พรรษา เป็นพระมหากษัตริย์องค์ที่ห้าของกรุงศรีอยุธยา
ในห้วงเวลาที่พระองค์ครองราชย์ บ้านเมืองเป็นปกติสุขดี พระองค์ได้ทรงส่งราชทูตไปเจริญทางพระราชไมตรีกับประเทศจีน เมื่อปี พ.ศ.๑๙๔๐ และก็ได้ส่งทูตแลกเปลี่ยนสัมพันธไมตรีอยู่เสมอในระยะต่อ ๆ มา
สมเด็จพระรามราชาธิราช พยายามที่จะขยายอำนาจไปยังอาณาจักรล้านนา แต่ไม่เป็นผล ทางอาณาจักรสุโขทัยก็ไม่ได้อยู่ในอำนาจ และยังไม่ไว้วางพระทัยเจ้านครอินทร พระราชนัดดาในขุนหลวงพะงั่ว ซึ่งทางพระเจ้ากรุงจีนให้ความสนิทสนม อีกทั้งยังยกย่องว่าเป็นกษัตริย์อีกองค์หนึ่ง ในปลายรัชสมัยของพระองค์ ได้มีข้อพิพาทกับเจ้าพระยามหาเสนาบดี ผู้เป็นอัครมหาเสนาบดี และเป็นผู้บังคับบัญชาทหาร เจ้าพระยามหาเสนาบดีได้หนีไปอยู่ฟากปทาคูจาม แล้วได้รวมกับเจ้านครอินทร์ ยกกำลังจากสุพรรณบุรีมายึดวังหลวง แล้วทูลเชิญเจ้านครอินทร์ขึ้นครองราชย์กรุงศรีอยุธยา ส่วนสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒ ได้รับโปรดเกล้า ฯ ให้ไปครองเมืองปทาคูจาม เมื่อปี พ.ศ.๑๙๕๒ พระองค์ทรงครองราชย์กรุงศรีอยุธยาได้ ๑๕ ปี เสด็จสวรรคตปีใดไม่ปรากฏ
สมเด็จพระนครินทราธิราช (พระนครอินทร์)
สมเด็จพระนครินทร์ ฯ ทรงเป็นพระราชนัดดาในขุนหลวงพะงั่ว เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ. ๑๙๐๒ ทรงครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๑๙๕๒ เป็นพระมหากษัตริย์องค์ที่หกของกรุงศรีอยุธยา
ในปี พ.ศ.๑๙๖๒ พระยาบาลเมืองและพระยารามได้สู้รบชิงราชสมบัติกรุงสุโขทัย พระองค์ได้ทรงเข้าไปไกล่เกลี่ย แล้วทรงอภิเษกพระยาบาลเมือง ให้ครองกรุงสุโขทัย และพระยารามราชครองเมืองศรีสัชนาลัย หลังจากนั้นได้ทรงปรับปรุงการปกครองหัวเมืองต่าง ๆ ของกรุงศรีอยุธยาใหม่ ได้โปรดเกล้า ฯ ให้เจ้าอ้ายพระยาไปครองเมืองสุพรรณซึ่งเป็นเมืองลูกหลวง เจ้ายี่พระยาไปครองเมืองนครสวรรค์ และเจ้าสามพระยาไปครองเมืองชัยนาทซึ่งเป็นเมืองหน้าด่านทางด้านเหนือ
สมเด็จพระนครินทร์ ฯ เคยเสด็จไปเมืองจีน เมื่อปี พ.ศ.๑๙๒๐ เมื่อครั้งยังครองเมืองสุพรรณบุรี เมื่อพระองค์ขึ้นครองราชย์แล้วก็ได้ทรงส่งราชทูตไปเจริญทางพระราชไมตรีกับจีน
สมเด็จพระนครินทร์ ฯ ครองราชย์ได้ ๑๕ ปี เสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๑๙๖๗
สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒ (เจ้าสามพระยา)
เจ้าสามพระยาเป็นพระนามเดิมของสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒ พระองค์เป็นพระราชโอรสองค์ที่สามในสมเด็จพระนครินทร์ ฯ จากการแย่งราชสมบัติของเจ้าอ้ายพระยา กับเจ้ายี่พระยา จนสิ้นพระชนม์ไปทั้งสององค์ เจ้าสามพระยาจึงได้เสด็จขึ้นครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๑๙๖๗ เป็นพระมหากษัตริย์องค์ที่เจ็ดแห่งกรุงศรีอยุธยา
พระองค์ทรงพระปรีชาสามารถในการปกครอง และการรบ ดังจะเห็นได้จากกรณีเมืองเหนือ และเมืองกัมพูชา กล่าวคือ เมื่อปี พ.ศ.๑๙๗๔ พระองค์ได้ทรงยกกองทัพไปล้อมพระนครหลวง (นครธม) ของกัมพูชาอยู่ถึงเจ็ดเดือนจึงสามารถยึดได้ นับเป็นการขยายพระราชอาณาเขตของ อาณาจักรอยุธยาตอนต้นอย่างเป็นรูปธรรม
ในปี พ.ศ.๑๙๘๕ พระองค์ได้ยกกองทัพไปตีเมืองเชียงใหม่ แต่ไม่สำเร็จ จึงได้ยกกองทัพไปตีเชียงใหม่อีกครั้ง เมื่อ พ.ศ.๑๙๘๘ ได้หัวเมืองชายแดนของเชียงใหม่ แต่ทรงประชวรเสียก่อน จึงทรงยกกองทัพกลับกรุงศรีอยุธยา
ในรัชสมัยของพระองค์นอกจากทำสงครามขยายพระราชอาณาเขตแล้ว ยังได้ปรับปรุงด้านการปกครอง โดยได้ทรงตรากฎหมายลักษณะอาญาศึก (อยู่ในลักษณะกบฎศึก) ขึ้นในกรุงศรีอยุธยา
ในด้านการพระศาสนา ได้ทรงสร้างวัดราชบูรณะ ประกอบด้วยพระธาตุ และพระวิหาร โดยสร้างไว้ ณ บริเวณที่ถวายพระเพลิงศพเจ้าอ้ายพระยาและเจ้ายี่พระยา
เจ้าสามพระยาสิ้นพระชนม์ เมื่อปี พ.ศ.๑๙๙๑ ครองราชย์ได้ ๒๔ ปี
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ.๑๙๗๔ พระองค์ทรงเป็นพระราชโอรสสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒ เมื่อพระองค์มีพระชนม์มายุได้เจ็ดพรรษา พระราชบิดาได้พระราชทานพระนามตามพระราชประเพณีว่า สมเด็จพระราเมศวรบรมไตรโลกนาถบพิตร และเมื่อพระชนมายุได้ ๑๕ พรรษา ได้รับโปรดเกล้า ฯ ให้เสด็จไปครองหัวเมืองฝ่ายเหนือ โดยได้ประทับอยู่ที่เมืองพิษณุโลก เมื่อสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๒ เสด็จสวรรคต พระองค์จึงได้เสด็จขึ้นครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๑๙๙๑ พระชนมายุได้ ๑๗ พรรษา เป็นพระมหากษัตริย์พระองค์ที่แปดของกรุงศรีอยุธยา
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ทรงมีพระราชสมัญญาอีกพระนามหนึ่งว่า พระเจ้าช้างเผือก เนื่องจาก เมื่อปี พ.ศ.๒๐๑๔ พระองค์ได้ทรงรับช้างเผือก ซี่งนับเป็นช้างเผือกช้างแรกของกรุงศรีอยุธยา
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ทรงปฏิรูปการปกครอง โดยทรงรวมอำนาจจากการปกครองเข้าสู่ศูนย์กลางคือ ราชธานี และแยกฝ่ายทหาร และฝ่ายพลเรือนออกจากกันคือ ฝ่ายทหารมีสมุหพระกลาโหมเป็นหัวหน้า รับผิดชอบ ฝ่ายพลเรือนมีสมุหนายก เป็นหัวหน้ารับผิดชอบ มีผู้ช่วยคือ จตุสดมภ์ ได้แก่ กรมเมือง กรมวัง กรมพระคลัง และกรมนา ในกรณีที่เกิดศึกสงครามทั้งฝ่ายทหาร และฝ่ายพลเรือนจะต้องนำหน้าในกองทัพร่วมกัน
การปกครองในส่วนภูมิภาค ได้ยกเลิกระบบการปกครองหัวเมืองต่าง ๆ แต่เดิมที่แบ่งออกเป็นเมืองลูกหลวง หลานหลวง แล้วระบบการปกครองหัวเมืองเสียใหม่ ดังนี้
หัวเมืองชั้นใน เช่น เมืองราชบุรี นครสวรรค์ นครนายก เมืองฉะเชิงเทรา และปราจีนบุรี เป็นต้น จัดเป็นเมืองจัตวา พระมหากษัตริย์ทรงแต่งตั้งผู้ที่เหมาะสมไปปกครอง แต่สิทธิอำนาจทั้งหมดยังขึ้นอยู่กับองค์พระมหากษัตริย์
หัวเมืองชั้นนอก หรือเมืองพระยามหานคร เช่น เมืองพิษณุโลก สุโขทัย นครราชสีมา และทวาย จัดเป็น เมือง เอก โท ตรี พระมหากษัตริย์ทรงแต่งตั้งพระราชวงศ์หรือข้าราชการชั้นผู้ใหญ่ไปเป็นเจ้าเมืองมีอำนาจบังคับบัญชาเป็นสิทธิขาด เป็๋นผู้แทนองค์พระมหากษัตริย์ มีกรมการปกครองในตำแหน่ง เมือง วัง คลัง นา เช่นเดียวกับของทางราชธานี
เมืองประเทศราช ทางกรุงศรีอยุธยาคงให้เจ้าเมืองของเมืองหลวงนั้นปกครองกันเอง โดยพระมหากษัตริย์ทรงแต่งตั้งเจ้าเมือง เมืองประเทศราชจะต้องถวายต้นไม้เงินต้นไม้ทองกับเครื่องราชบรรณาการทุกรอบสามปี และต้องส่งกองทัพมาช่วยทางราชธานี เมื่อเกิดการสงคราม
สำหรับการปกครองส่วนท้องถิ่น ให้จัดเป็นหมู่บ้าน มีผู้ใหญ่บ้านปกครองดูแล ตำบล มีกำนันเป็นหัวหน้า แขวง มีหมื่นแขวงเป็นหัวหน้า การปกครองท้องถิ่นดังกล่าวได้ใช้สืบทอดมาจนถึงสมัยรัตนโกสินทร์
มีการแต่งตั้งตำแหน่งข้าราชการให้มีบรรดาศักดิ์ตามลำดับจากต่ำสุดไปสูงสุดคือ ทนาย พัน หมื่น ขุน หลวง พระ พระยา และเจ้าพระยา มีการกำหนดศักดินาเพื่อเป็นค่าตอบแทนการรับราชการ และได้อาศัยใช้เป็นเกณฑ์กำหนดการมีที่นาและการปรับไหมตามกฎหมาย
ในปี พ.ศ.๒๐๐๑ สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ทรงตั้งกฎมณเฑียรบาล ขึ้นเป็นกฎหมายสำหรับการปกครอง แบ่งออกเป็นสามแผนคือ พระตำรา ว่าด้วยแบบแผนและการพระราชพิธีต่าง ๆ พระธรรมนูญ ว่าด้วยเรื่องตำแหน่งหน้าที่ราชการ พระราชกำหนด เป็นข้อบังคับในพระราชสำนัก
ในรัชสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ พระองค์ได้โปรดเกล้า ฯ ให้ประชุมนักปราชญ์ราชบัณฑิตแต่งหนังสือมหาชาติคำหลวง นับว่าเป็นวรรณกรรมทางพระพุทธศาสนา เรื่องแรกของกรุงศรีอยุธยา และเป็นวรรณคดีชั้นเยี่ยมที่ใช้เป็นแนวทางในการศึกษาภาษา และวรรณคดีของไทย นอกจากนี้ยังมีลิลิตพระลอ ซึ่งเป็นยอดวรรณคดีประเภทลิลิตของไทย
สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถเสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๒๐๓๑ ครองราชย์ได้ ๔๐ ปี พระองค์ประทับอยู่ที่กรุงศรีอยุธยา ๑๕ ปี และประทับที่เมืองพิษณุโลก ๔๐ ปี
สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๓ (พระอินทราชา)
สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๓ พระนามเดิมว่า พระอินทราชา ทรงเป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ เสด็จขึ้นครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๓๑ เป็นพระมหากษัตริย์องค์ที่เก้าของกรุงศรีอยุธยา
ในรัชสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ในช่วงที่ทำสงครามกับอาณาจักรล้านนาหลายครั้ง พระองค์ได้เสด็จไปประทับที่เมืองพิษณุโลกเป็นเวลา ๒๕ ปี จนเสด็จสวรรคต ในห้วงเวลาดังกล่าว สมเด็จพระบรมราชาจึงได้ครองกรุงศรีอยุธยา ที่เสมือนมีฐานะเมืองลูกหลวง ได้มีส่วนรับพระราชภาระจากพระราชบิดาให้เป็นไปด้วยดี
ในปลายรัชสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ พระองค์ได้เสด็จยกทัพไปตีเมืองทวาย คืนมาจากกรุงหงสาวดี และได้กวาดต้อนผู้คนมาเป็นจำนวนมาก
สมเด็จพระบรมราชาธิราชเสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๒๐๓๔ ครองราชย์ได้ ๓ ปี
สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒
สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ พระนามเดิมว่า พระเชษฐาธิราช ทรงเป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๑๕ ที่เมืองพิษณุโลก ได้รับโปรดเกล้า ฯ ให้อภิเษกเป็นพระมหาอุปราชเมื่อพระชนมายุได้ ๑๓ พรรษา เมื่อสมเด็จพระราชบิดาเสด็จสวรรคต พระองค์ได้ถวายราชสมบัติแก่พระบรมราชาธิราชที่ ๓ ผู้ซึ่งเป็นพระเชษฐาต่างพระมารดา และครองกรุงศรีอยุธยาอยู่ก่อนแล้ว เนื่องจากสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถเสด็จไปประทับอยู่ที่เมืองพิษณุโลก พระองค์จึงอยู่ในฐานะพระมหาอุปราชครองเมืองพิษณุโลก เมื่อสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๓ เสด็จสวรรคต พระองค์จึงเสด็จขึ้นครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๓๔ เป็นพระมหากษัตริย์องค์ที่สิบของกรุงศรีอยุธยา
สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ ทรงจัดให้มีการจัดระเบียบกองทัพ และแต่งตำราพิชัยสงคราม ทรงโปรดเกล้า ฯ ให้จัดทำบัญชีกำลังพล เมื่อปี พ.ศ.๒๐๖๑ เพื่อเกณฑ์พลเมืองเข้ารับราชการทั้งฝ่ายทหารและพลเรือน โดยกำหนดให้ไพร่ที่เป็นชาย อายุตั้งแต่ ๑๘ - ๖๐ ปี ต้องเข้ารับราชการทหาร ยกเว้นผู้ที่มีบุตรชายแล้วเข้ารับราชการ ตั้งแต่สามคนขึ้น ผู้เป็นบิดาจึงพ้นหน้าที่รับราชการทหาร ชายที่มีอายุ ๑๘ ปี ต้องขึ้นทะเบียนทหารเพื่อเข้ารับการฝึกหัดทหาร เรียกว่า ไพร่สม เมื่ออายุ ๒๐ ปี จึงเรียกเข้ารับราชการเป็นทหารกองประจำการเรียกว่า ไพร่หลวง ส่วนพวกที่ไม่สามารถมารับราชการทหารได้ ก็ต้องมีของมาให้ราชการเป็นการชดเชยเรียกว่า ไพร่ส่วย
ได้มีการตั้งกรมพระสุรัสวดี ให้เป็นหน่วยรับผิดชอบ โดยมีออกพระราชสุภาวดี เป็นเจ้ากรมรับผิดชอบในมณฑลราชธานี พระสุรัสวดีขวา รับผิดชอบหัวเมืองฝ่ายเหนือ และพระสุรัสวดีซ้าย รับผิดชอบหัวเมืองฝ่ายใต้
ในปี พ.ศ.๒๕๐๖ พระเมืองแก้วเจ้าเมืองเชียงใหม่ ยกทัพมาตีกรุงสุโขทัย สมเด็จพระรามาธิบดี ได้ทรงออกทัพขึ้นไปช่วยโจมตี จนกองทัพเชียงใหม่แตกกลับไป
ต่อมาเมื่อปี พ.ศ.๒๐๕๘ พระองค์ได้ทรงยกกองทัพขึ้นไปตีเมืองลำปางได้ เมื่อเสร็จยกทัพกลับอยุธยา พระองค์ได้ทรงสถาปนาพระอาทิตย์วงศ์ พระราชโอรสให้เป็นพระบรมราชาตำแหน่งสมเด็จหน่อพระพุทธางกูร หรือสมเด็จหน่อพระพุทธเจ้ารัชทายาท โปรดเกล้า ฯ ให้ปกครองหัวเมืองเหนือประทับอยู่ ณ เมืองพิษณุโลก ทำให้ราชอาณาจักรล้านนาไม่มารบกวนเมืองเหนืออีกตลอดรัชสมัยของพระองค์
นอกจากนั้น เมื่อปี พ.ศ. ๒๐๔๓ ยังได้ส่งกองทัพทั้งทางบก และทางเรือ ไปทำสงครามกับมะละกา ถึงสองครั้ง เข้าโจมตีชายฝั่งตะวันออกและตะวันตก แม้ไม่ประสบผลสำเร็จแต่ก็ทำให้มะละกาได้ตระหนักถึงอำนาจของอยุธยาที่มีอิทธิพลเหนือหัวเมืองในคาบสมุทรภาคใต้ โดยมีเมืองนครศรีธรรมราช ทำหน้าที่เป็นศูนย์กลาง ใช้เป็นฐานในการควบคุมหัวเมืองต่าง ๆ ในคาบสมุทรแห่งนี้ กษัตริย์มะละกา ผู้ปกครอง ปัตตานี ปาหัง กลันตัน และเมืองท่าที่ตั้งอยู่ชายฝั่งทั้งหมด ต้องส่งบรรณาการต่อกษัตริย์สยามทุกปี
ในปี พ.ศ.๒๐๕๔ ทูตนำสารของ อัลฟองโซ เดอร์ก แม่ทัพใหญ่ของโปรตุเกสได้เดินทางมากรุงศรีอยุธยา เพื่อเจริญสัมพันธไมตรีและการค้า พระองค์ทรงตอบรับไมตรีจากโปรตุเกส และได้ทำสัญญาทางราชไมตรี และทางการค้าต่อกัน เมื่อปี พ.ศ.๒๐๕๙ นับเป็นสัญญาฉบับแรกที่ไทยทำกับต่างประเทศ
ผลจากการเข้ามาสร้างไมตรีของชาวโปรตุเกส ได้มีการนำเอาอาวุธแบบใหม่ที่มีประสิทธิภาพเข้ามาถวาย ได้แก่ ปืนประเภทต่าง ๆ และกระสุนดินดำ ต่อมาชาวโปรตุเกสได้เข้ามาเป็นทหารอาสาฝรั่ง ได้ช่วยฝึกวิธีการใช้อาวุธแบบตะวันตก
สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ เสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ. ๒๐๗๒ ครองราชย์ได้ ๓๘ ปี
สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๔
สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๔ หรืออีกพระนามหนึ่งว่าสมเด็จพระบรมราชาหน่อพุทธางกูร เป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ พระนามเดิมว่า พระอาทิตยวงศ์ และทรงเป็นรัชทายาท ภายหลังได้รับโปรดเกล้า ฯ สถาปนาเป็นพระบรมราชาหน่อพุทธางกูร ครองเมืองพิษณุโลก พระองค์เสด็จขึ้นครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๗๒ เป็นพระมหากษัตริย์ ลำดับที่ ๑๑ ของกรุงศรีอยุธยา มีพระราชโอรสทรงพระนามว่า พระรัษฎาธิราชธิราช
พระองค์ได้ทรงโปรดเกล้า ฯ แต่งตั้งให้พระไชยราชา ผู้เป็นพระอนุชาต่อพระมารดา ไปครองเมืองพิษณุโลก
พระองค์ทรงเจริญทางพระราชไมตรีกับพระเมืองเกศเกล้าพระเจ้าเชียงใหม่ เพื่อยุติความบาดหมางในกาลก่อน ทำให้ทางพระเจ้าเชียงใหม่ ไม่ได้มีปัญหากับกรุงศรีอยุธยาตลอดรัชสมัยของพระองค์
พระองค์มีพระปรีชาสามารถในการปกครองและการรบ และการปกครอง การติดต่อกับโปรตุเกส ทำให้กรุงศรีอยุธยาได้รับประโยชน์จากการค้าขายกับโปรตุเกส โดยเฉพาะอย่างยิ่งด้านการทหาร เช่น การทำปืนไฟ การสร้างป้อมปราการที่สามารถป้องกันปืนไฟได้ ที่เมืองสวรรคโลก สุโขทัย และกรุงศรีอยุธยา นอกจากนั้นให้ชาวโปรตุเกสตั้งเป็นกองอาสา เข้าร่วมรบกับข้าศึกด้วยชาวโปรตุเกส ก็ได้รับผลประโยชน์ตอบแทนจากการได้เข้ามาค้าขาย และเผยแพร่คริสตศาสนานิกายโรมันคาธอลิก รวมทั้งการเข้ามาตั้งถิ่นฐานที่กรุงศรีอยุธยาอีกด้วย
ในด้านการทหาร พระองค์ทรงทำศึกกับล้านช้าง (อาณาจักรหลวงพระบาง) และพะโค (หงสาวดี) หลายครั้ง ในปลายรัชสมัยของพระองค์ ได้ทรงยกกองทัพไปประชิดแดนพะโค และยึดเมืองบางเมืองได้แล้วยกกองทัพกลับ พระองค์ไปทรงพระประชวรด้วยโรคไข้ทรพิษ และเสด็จสวรรคต
สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๔ เสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๒๐๗๖ ครองราชย์ได้ ๔ ปี
พระรัษฎาธิราช
พระรัษฎาธิราชทรงเป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ ๔ เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๗๒ พระราชชนนี ทรงมีเชื้อสายราชวงศ์เวียงไชยนารายณ์ เมื่อสมเด็จพระบรมชนกนาถ เสด็จสวรรคตโดยที่มิได้ทรงแต่งตั้งรัชทายาท บรรดามุขอำมาตย์เสนาบดี จึงพร้อมใจกันอัญเชิญพระรัษฎาธิราชกุมาร ซึ่งมีพระชนมายุเพียงห้าพรรษา เสด็จขึ้นครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๗๖ ทรงพระนามว่า พระรัษฎาธิราช เป็นพระมหากษัตริย์องค์ที่ ๑๒ ของกรุงศรีอยุธยา
เนื่องจากพระรัษฎาธิราชยังทรงพระเยาว์มาก การบริหารราชการแผ่นดินจึงตกเป็นหน้าที่ของอัครมหาเสนาบดีชั้นผู้ใหญ่สองคนคือ สมุหนายก และสมุหกลาโหม ปฏิบัติหน้าที่แทนพระองค์ในพระปรมาภิไธยของพระเจ้าอยู่หัว เมื่อพระองค์ขึ้นครองราชย์ได้ห้าเดือน บ้านเมืองเกิดระส่ำระสาย พระไชยราชา ผู้เป็นพระปิตุลา (อา) ซึ่งครองเมืองพิษณุโลกอยู่ ได้ทรงยกกองทัพมายึดอำนาจการปกครอง เมื่อปี พ.ศ.๒๐๗๗ แล้วเสด็จขึ้นครองราชย์แทน ทรงพระนามว่า สมเด็จพระไชยราชาธิราช
สมเด็จพระไชยราชาธิราช
สมเด็จพระไชยราชาธิราช ทรงเป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ ได้รับโปรดเกล้า ฯ ให้ไปครองเมืองพิษณุโลก เมื่อปี พ.ศ.๒๐๗๒ เสด็จขึ้นครองราชย์เมื่อปี พ.ศ.๒๐๗๗ เป็นพระมหากษัตริย์พระองค์ที่ ๑๓ ของกรุงศรีอยุธยา พระองค์มีพระราช โอรสสองพระองค์อันประสูติแต่ท้าวศรีสุดาจันทร์พระสนมเอก ทรงพระนามว่า พระยอดฟ้า และพระศรีศิลป์
ในรัชสมัยของพระองค์ได้เกิดสงครามไทยกับพม่า เมื่อปี พ.ศ.๒๐๘๑ เมื่อพระเจ้าตะเบงชะเวตี้ แห่งกรุงหงสาวดี ได้ยกกองทัพมาตีเมืองเชียงกราน อันเป็นหัวเมืองชายแดนทางทิศตะวันตกของกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระไชยราชาธิราชทรงยกทัพไปตีกลับคืนมา ในการทัพครั้งนี้ พระองค์นำทหารอาสาชาวโปรตุเกสไปด้วย อาสาชาวโปรตุเกสมีความชำนาญในการใช้ปืนไฟ และได้เริ่มใช้ปืนไฟ ในการรบเป็นครั้งแรก กองทัพไทยสามารถยึดเมืองเชียงกรานกลับคืนมาได้
เมื่อพระองค์ยกทัพกลับมาถึงกรุงศรีอยุธยา พระองค์ได้ทรงปูนบำเหน็จความชอบแก่กองอาสาชาวโปรตุเกส พระราชทานที่ดินให้ตั้งบ้านเรือนที่บริเวณตำบลบ้านดิน เหนือคลองตะเคียน ซึ่งต่อมาเรียกว่าบ้านโปรตุเกส และทรงอนุญาตให้สร้างวัดคริสตศาสนานิกายโรมันคาธอลิก ทำให้มีบาดหลวงเขามาเผยแพร่คริสตศาสนา ในราชอาณาจักรไทยตั้งแต่นั้นเป็นต้น
เกิดการผลัดแผ่นดินขึ้นที่เชียงใหม่ พระเมืองเกศเกล้าถูกลอบปลงพระชนม์ บรรดาท้าวพระยาเมืองลำปาง เมืองเชียงราย และเมืองพานได้ ยกกำลังเข้ายึดเมืองเชียงใหม่ได้ แล้วพร้อมใจกันแต่งตั้งพระนางมหาเทวีจิรประภา พระธิดาพระเมืองเกศเกล้า ขึ้นครองเมืองเชียงใหม่ สมเด็จพระไชยราชาธิราชทรงยกกองทัพไปถึงเชียงใหม่ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๘๑ พระนางมหาเทวีจิรประภาได้ออกมาถวายการต้อนรับ และขอเป็นไมตรีกับกรุงศรีอยุธยา ซึ่งในขณะนั้นพระนางมหาเทวี ฯ ทรงเกรงอานุภาพของพระเจ้าตะเบงชะเวตี้ ซึ่งได้ขยายอาณาเขตมาจรดเขตของเชียงใหม่ จึงได้ยอมอ่อนน้อมต่อฝ่ายพม่า สมเด็จพระไชยราชาธิราช ทรงพิจารณาเห็นว่า ถ้าปล่อยให้สถานการณ์เป็นไปเช่นนี้ ในอนาคตพระเจ้าตะเบงชะเวตี้ จะเข้ามารุกรานกรุงศรีอยุธยา พระองค์จึงได้ยกทัพเข้าตีเชียงใหม่ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๘๘ โดยได้ตีนครลำปาง และนครลำพูน พระองค์ได้โปรดเกล้า ฯ ให้พระยาพิษณุโลกเป็นทัพยกไปเชียงใหม่ พระนางมหาเทวี ฯ จึงเห็นสถานการณ์เช่นนั้นแล้ว จึงทรงต้อนรับพญาพิษณุโลก และทรงยอมเป็นประเทศราชของกรุงศรีอยุธยา
เมื่อเสร็จศึกเชียงใหม่ ระหว่างทางที่เสด็จกลับกรุงศรีอยุธยา พระองค์ได้ประชวร และเสด็จสวรรคตระหว่างทาง ซึ่งเรื่องนี้มีหลักฐานบางฉบับขยายความว่า สมเด็จพระไชยราชาเสด็จกลับถึงกรุงศรีอยุธยาแล้วจึงประชวร และเสด็จสวรรคต เนื่องจากท้าวศรีสุดาจันทร์ พระสนมเอกซึ่งเป็นผู้สำเร็จราชการรักษาพระนคร ขณะที่พระองค์เสด็จไปราชการสงคราม คบคิดกับขุนวงวรศาธิราชวางยาพิษพระองค์ ทำให้พระองค์ประชวร จึงได้ทรงมอบราชสมบัติแก่พระยอดฟ้าพระราชโอรสแล้วสวรรคต
ในรัชสมัยของพระองค์ได้โปรดเกล้าให้ขุดคลองลัดบางกอก เนื่องจากแม่น้ำเจ้าพระยาตั้งแต่ปากน้ำไปถึง กรุงศรีอยุธยามีความคดเคี้ยวหลายแห่ง ทำให้เสียเวลาในการเดินทางเรือ พระองค์ทรงพิจารณาเห็นว่า แผ่นดินระหว่างคลองบางกอกใหญ่ และคลองบางกอกน้อยแคบ สามารถเดินถึงกันได้ ผลจากการขุดคลองลัดบางกอกทำให้สายน้ำเปลี่ยนทางเดินจนคลองลัดบางกอกกลายเป็นลำน้ำเจ้าพระยา จึงโปรดเกล้าให้ขุดคลองลัด ณ บริเวณดังกล่าวเป็นบริเวณตรงข้ามพระบรมมหาราชวัง ด้านท่าราชวรดิษฐ์ในปัจจุบัน
สมเด็จพระไชยราชาธิราชเสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๒๐๘๙ ครองราชย์ได้ ๑๒ ปี
สมเด็จพระยอดฟ้า
สมเด็จพระยอดฟ้าหรือพระแก้วฟ้า ทรงเป็นพระราชโอรสของสมเด็จพระไชยราชาธิราช กับพระสนมเอกท้าวศรีสุดาจันทร์ เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๗๙ เสด็จขึ้นครองราชย์เมื่อปี พ.ศ. ๒๐๘๙ เป็นพระมหากษัตริย์พระองค์ที่ ๑๔ ของกรุงศรีอยุธยา
เนื่องจากสมเด็จพระยอดฟ้ายังทรงพระเยาว์อยู่มาก เสนาบดีชั้นผู้ใหญ่จึงได้ทูลเชิญท้าวศรีสุดาจันทร์ ผู้เป็นพระราชมารดาขึ้นเป็นผู้สำเร็จราชการ นับเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ไทยที่สตรีเป็นผู้สำเร็จราชการ พระองค์ครองราชย์ได้เพียงสองปี ก็ถูกขุนวรวงศาธิราช ผู้มีความสัมพันธ์ทางชู้สาวกับท้าวศรีสุดาจันทร์ ชิงราชบัลลังก์ได้ แล้วนำพระองค์ไปสำเร็จโทษ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๙๑
ขุนวรวงศาธิราช
ขุนวรวงศาธิราช ตำแหน่งเดิมคือ พันบุตรศรีเทพ เป็นผู้เฝ้าหอพระหน้าพระบรมมหาราชวัง เมื่อสมเด็จพระไชยราชาธิราชสวรรคต สมเด็จพระยอดฟ้าขึ้นครองราชย์ได้สองปี เนื่องจากพระองค์ทรงพระเยาว์ ท้าวศรีสุดาจันทร์ พระราชมารดา จึงได้รับเชิญให้เป็นผู้สำเร็จราชการ เมื่อสมเด็จพระยอดฟ้าสวรรคต ท้าวศรีสุดาจันทร์ในฐานะผู้สำเร็จราชการจึงได้ดำเนินการจัดตั้งพระราชพิธีราชาภิเษกขุนวรวงศาธิราช เป็นพระเจ้าแผ่นดิน ด้วยเหตุที่มีความสัมพันธ์กันพิเศษเป็นการส่วนตัว
ขุนวรวงศาธิราชอยู่ในตำแหน่งได้ ๔๒ วัน ก็ถูกขุนพิเรนทรเทพและคณะ กำจัดออกไปพร้อมกับท้าวศรีสุดาจันทร์
สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ
สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ ทรงพระนามเดิมว่า พระเฑียรราชา ทรงเป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ และทรงเป็น พระอนุชาต่างพระชนนี ในสมเด็จพระไชยราชาธิราช เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๕๕ ทรงดำรงตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน คู่กันกับท้าวศรีสุดาจันทร์ ในรัชสมัยสมเด็จพระยอดฟ้า ต่อมาได้เสด็จออกผนวช ณ วัดราชประดิษฐาน
เมื่อขุนพิเรนทรเทพและคณะ ได้กำจัดขุนวรวงศาธิราชและท้าวศรีสุดาจันทร์ เสร็จสิ้นแล้ว จึงได้อัญเชิญพระเฑียรราชา ให้ลาผนวชและขึ้นครองราชย์ ทรงพระนามว่า สมเด็จพระมหาจักรพรรดิราชาธิราช เมื่อปี พ.ศ.๒๐๙๑ ทรงเป็นพระมหากษัตริย์พระองค์ที่ ๑๕ ของกรุงศรีอยุธยา พระองค์ได้สถาปนาพระมเหสีเป็นพระสุริโยทัย ทรงมีพระราชโอรสและพระราชธิดาสี่พระองค์คือ พระราเมศวร พระมหินทร พระวิสุทธิกษัตรี และพระเทพกษัตร์
เมื่อพระองค์ขึ้นครองราชย์แล้ว ได้ทรงแต่งตั้งให้ขุนพิเรนทรเทพ เป็นพระมหาธรรมราชา ครองเมืองพิษณุโลก แล้วพระราชทานพระวิสุทธิกษัตรี ให้เป็นพระมเหสี ขุนอินทรเทพ ได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าพระยาศรีธรรมาโศกราช ผู้สำเร็จราชการเมืองนครศรีธรรมราช หลวงศรียศ เป็นเจ้าพระยามหาเสนา ที่สมุหกลาโหม หมื่นราชเสน่หา เป็นเจ้าพระยามหาเทพ หมื่นราชเสน่หานอกราชการ เป็นพระยาภักดีนุชิต พระยาพิชัย เป็นเจ้าพระยาพิชัย พระยาสวรรคโลก เป็นเจ้าพระยาสวรรคโลก
ในปี พ.ศ.๒๐๙๑ สมเด็จพระมหาจักรพรรดิขึ้นครองราชย์ได้เพียงเจ็ดเดือน พระเจ้าหงสาวดี (พระเจ้าตะเบงชะเวตี้) ทรงทราบว่า ทางกรุงศรีอยุธยาผลัดเปลี่ยนแผ่นดิน เห็นเป็นโอกาสที่จะแผ่อำนาจมายังราชอาณาจักรไทย จึงได้ยกกองทัพใหญ่มาทางเมืองกาญจนบุรี ตั้งค่ายหลวงที่ตำบลกุ่มดอง ทัพพระมหาอุปราชา ตั้งที่เพนียด ทัพพระเจ้าแปร ตั้งที่บ้านใหม่มะขามหย่อง ทัพพระยาพะสิม ตั้งอยู่ที่ตำบลทุ่งวรเชษฐ สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ เสด็จออกไปดูลาดเลากำลังศึก ณ ทุ่งภูเขาทอง พร้อมกับพระสุริโยทัย พระราเมศวร และพระมหินทราธิราช สมเด็จพระมหาจักรพรรดิได้กระทำยุทธหัตถีกับพระเจ้าแปร ช้างพระที่นั่งเสียที สมเด็จพระสุริโยทัยจึงทรงไสช้างเข้าขวางช้างข้าศึก เพื่อป้องกันสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ พระเจ้าแปรได้ทีจึงฟันสมเด็จพระสุริโยทัยด้วยของ้าว สิ้นพระชนม์บนคอช้าง พระราเมศวรและพระมหินทรา ฯ ได้ขับช้างเข้ากันพระศพกลับเข้าพระนคร
ในการต่อสู้กับข้าศึกในขั้นต่อไป สมเด็จพระมหาจักรพรรดิโปรดให้นำปืนใหญ่นารายณ์สังหาร ลงเรือสำเภาแล่นไปตามลำน้ำโจมตีข้าศึกที่ตั้งล้อมกรุงศรีอยุธยาอยู่ อำนาจการยิงของปืนใหญ่ทำให้ฝ่ายพม่าล้มตายเป็นอันมาก ประกอบกับเป็นเวลาใกล้ฤดูฝน และเสบียงอาหารร่อยหรอลง อีกทั้งทางฝ่ายพม่าได้ข่าวว่า มีกองทัพไทยจากหัวเมืองเหนือยกมาสนับสนุน เกรงว่าจะถูกตีกระหนาบจึงยกทัพกลับทางด่านแม่ละเมา กองทัพของพระมหาธรรมราชาและพระราเมศวร ไล่ติดตามไปจนเกือบถึงเมืองกำแพงเพชร ฝ่ายพม่าได้ทำอุบายซุ่มกำลังไว้ทั้งสองข้างทาง พอกองทัพไทยถลำเข้าไป จึงได้เข้าล้อมไว้ จับได้ทั้งพระมหาธรรมราชา และพระราเมศวร สมเด็จพระมหาจักรพรรดิต้องทรงขอหย่าศึก และไถ่ตัวคืนโดยแลกกับช้างชนะงาสองเชือก
ในระหว่างปี พ.ศ.๒๐๙๒ - ๒๑๐๖ สมเด็จพระมหาจักรพรรดิโปรดให้ปรับปรุงกิจการทหาร และเสริมสร้างบ้านเมืองให้มั่นคงแข็งแรงกว่าเดิม ยุทธศาสตร์ในการป้องกันคือ ใช้พระนครเป็นที่มั่น โปรดให้รื้อป้อมปราการตามหัวเมือง เพื่อป้องกันไม่ให้ข้าศึกอาศัยเป็นที่ตั้งมั่น ทรงสร้างกำแพงกรุงศรีอยุธยาด้วยการก่ออิฐถือปูน ขุดคลองมหานาคเป็นคูเมืองออกไปถึงชายทุ่งภูเขาทอง โปรดให้สำรวจบัญชีสำมะโนครัว ตามหัวเมืองในเขตชั้นในทุกหัวเมือง ทำให้ทราบจำนวนชายฉกรรจ์ที่สามารถทำการรบได้ โปรดให้สะสมอาวุธยุทธภัณฑ์ พาหนะทั้งทางบก และทางน้ำเพื่อใช้ในสงคราม โปรดให้จับม้าและช้างเข้ามาใช้ในราชการ สามารถจับช้างเผือกได้ถึงเจ็ดเชือก จึงได้รับขนานพระนามว่า พระเจ้าช้างเผือกอีกพระนามหนึ่ง
พระเจ้าบุเรงนอง ผู้ครองราชย์ต่อจากพระเจ้าเตะเบงชะเวตี้ ทราบเรื่องช้างเผือก จึงส่งราชทูตเชิญพระราชสาส์นมาขอพระราชทานช้างเผือกสองเชือก สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ทรงให้เหตุผลเชิงปฎิเสธ พระเจ้าบุเรงนองจึงถือสาเหตุนั้น ยกกองทัพมาตีกรุงศรีอยุธยา เมื่อปี พ.ศ.๒๑๐๖ ด้วยกำลังพลสองแสนคน จัดเป็นทัพกษัตริย์หกทัพ ได้เตรียมทัพเรือพร้อมปืนใหญ่กับจ้างชาวโปรตุเกสอาสาสมัคร ๔๐๐ คน เป็นทหารปืนใหญ่ ให้เมืองเชียงใหม่สนับสนุนเสบียงอาหาร โดยลำเลียงมาทางเรือ เปลี่ยนเส้นทางเดินทัพมาทางด่านแม่ละเมา เข้าตีหัวเมืองเหนือของไทยมาตามลำดับเพื่อตัดกำลังที่จะยกมาช่วยกรุงศรีอยุธยา
ฝ่ายไทยเตรียมตัวป้องกันพระนคร โดยคาดว่าพม่าจะยกกำลังมาทางด่านเจดีย์สามองค์ ทำให้พระเจ้าบุเรงนองตีเมืองกำแพงเพชร สวรรคโลก สุโขทัย พิชัย และพิษณุโลกได้ ครั้นลงมาถึงเมืองชัยนาท กองทัพพม่าก็ได้ปะทะกับกองทัพไทยของพระราเมศวร แต่ฝ่ายไทยต้านทานไม่ได้ต้องถอยกลับเข้ากรุงศรีอยุธยา กองทัพพม่าได้เข้าล้อมกรุงศรีอยุธยาไว้ แล้วระดมยิงปืนใหญ่เข้าในพระนครทุกวัน จนราษฎร์ได้รับความเดือดร้อนและเสียขวัญ สมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ ต้องเสด็จไปเจรจากับพระเจ้าบุเรงนอง ที่พลับพลาบริเวณตำบลวัดพระเมรุการาม กับวัดหัสดาวาส ยอมเป็นไมตรี โดยได้มอบช้างเผือกสี่เชือก พร้อมกับพระราเมศวร พระยาจักรี และพระยาสุนทรสงครามให้แก่พม่า
หลังสงครามช้างเผีอกสิ้นสุดลง สมเด็จพระมหินทรา ผู้ทรงเป็นพระมหาอุปราชแทนพระราเมศวร ได้ขึ้นครองราชย์ต่อจากสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ ที่เสด็จออกผนวช ต่อมาทรงเกรงว่าพระมหาธรรมราชาจะไปสนับสนุนพม่า พระองค์จึงทูลให้พระมหาจักรพรรดิ์ให้ทรงลาผนวช แล้วกลับมาครองราชย์ตามเดิม ส่วนพระองค์เสด็จขึ้นไปเมืองพิษณุโลก ขณะที่พระมหาธรรมราชาเสด็จไปเมืองพม่าแล้วรับรองพระวิสุทธิกษัตรีพร้อมด้วยพระราชนัดดามาอยู่ที่กรุงศรีอยุธยา เมื่อพระมหาธรรมราชาทราบเรื่องจึงให้ไปเข้ากับพม่าอย่างเปิดเผย
ในปี พ.ศ. ๒๑๑๑ พม่าได้ยกกองทัพใหญ่เจ็ดกองทัพ มีกำลังหาแสนคน เดินทัพเข้ามาทางด่านแม่ละเมาเข้าล้อมกรุงศรีอยุธยาไว้ทั้งสี่ด้าน โดยมุ่งตีหักเข้ามาทางด้านทิศตะวันออก ซี่งเป็นด้านที่อ่อนแอที่สุด และใช้กำลังทางเรือปิดกั้นลำน้ำทางตอนใต้ เพื่อไม่ให้ฝ่ายไทยติดต่อกับหัวเมืองทางใต้และต่างประเทศ ฝ่ายไทยได้ต่อสู้อย่างเต็มความสามารถ แต่สมเด็จพระมหาจักรพรรดิประชวรและเสด็จสวรรคต ทำให้ราษฎรเสียขวัญ และกำลังใจกองทัพของ
พระเจ้าไชยเชษฐาที่ยกมาช่วย ถูกพม่าซุ่มโจมตีถอยกลับไป พระเจ้าบุเรงนองได้ทำอุบายให้พระยาจักรีที่พม่าขอไปพม่าในสงครามครั้งก่อน ลอบเข้ากรุงศรีอยุธยา เป็นไส้ศึกให้พม่า จนทำให้การป้องกันกรุงศรีอยุธยาอ่อนแอลงไปตามลำดับ หลังจากพม่าล้อมกรุงอยู่เก้าเดือนก็เสียกรุงแก่พม่า เมื่อปี พ.ศ.๒๑๑๒
สมเด็จพระมหาจักรพรรดิเสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๒๑๑๑ ครองราชย์ได้ ๒๐ ปี
สมเด็จพระมหินทราธิราช
สมเด็จพระมหินทราธิราช พระนามเดิม พระมหินทร์ หรือพระมหินท์ เป็นพระราชโอรสพระองค์ที่สอง ในสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ กับสมเด็จพระสุริโยทัย เสด็จพระราชสมภพ เมื่อประมาณปี พ.ศ.๒๐๘๒ มีพระเชษฐาคือ พระราเมศวร ผู้เป็นที่พระมหาอุปราช มีพระเชษฐภคินีสองพระองค์คือ พระบรมดิลก กับพระสวัสดิราช (พระวิสุทธิกษัตรี) และพระขนิษฐาคือ พระเทพกษัตรี
หลังสงครามกับพม่าที่เรียกว่าสงครามช้างเผือก ยุติลงในปี พ.ศ.๒๑๐๗ พระมหินทร์ซึ่งเป็นพระมหาอุปราชต่อจากพระราเมศวร ได้ขึ้นครองราชย์ต่อจากสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ ซึ่งเสด็จออกผนวช
ต่อมาในปี พ.ศ.๒๑๑๑ สมเด็จพระมหินทร์ ฯ ได้ทูลขอให้สมเด็จพระมหาจักรพรรดิลาผนวช แล้วขึ้นครองราชสมบัติอีกครั้งเพื่อเตรียมรับศึกพม่า โดยพระเจ้าบุเรงนอง ได้ยกกองทัพเจ็ดกองทัพ มาทำสงครามกับไทย กองทัพพม่ายกเข้ามาทางด่านแม่ละเมา แล้วเข้าตีหัวเมืองทางเหนือ เพื่อตัดกำลังไม่ให้ส่งกองทัพเข้ามาช่วยกรุงศรีอยุธยา จากนั้นจึงได้เข้าล้อมกรุงศรีอยุธยาไว้
ในระหว่างการศึก สมเด็๋จพระมหาจักรพรรดิประชวรและเสด็จสวรรคต สมเด็จพระมหินทร์ ฯ จึงได้ขึ้นครองราชย์ต่อมา พม่าล้อมกรุงศรีอยุธยาอยู่ได้ห้าเดือน ยังไม่สามารถตีหักเข้าไปได้ พระเจ้าบุเรงนองจึงออกอุบายเกลี้ยกล่อมให้สมเด็จพระมหินทร์ ฯ ยอมเป็นไมตรี โดยมีข้อแลกเปลี่ยนคือขอตัวพระยาราม ผู้มีความสามารถรับผิดชอบการรักษาพระนครอย่างเข้มแข็ง สมเด็จพระมหินทร์ ฯ ทรงยินยอมมอบตัวพระยารามแก่พม่า แต่ทางพระเจ้าบุเรงนองกลับตระบัดสัตย์ ไม่ทำตามข้อตกลง และเร่งยกกำลังเข้าตีกรุงศรีอยุธยาหนักขึ้น
ขณะนั้นใกล้ฤดูน้ำหลาก แต่พม่าก็ยังไม่สามารถตีกรุงศรีอยุธยาได้ จึงได้เกลี้ยกล่อมให้พระยาจักรีซึ่งทางพม่าขอตัวไปพร้อมกับ พระราเมศวรในสงครามกับพม่าครั้งก่อน เข้าเป็นไส้ศึกในกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระมหินทร์ ฯ ทรงเห็นว่าพระยาจักรีเคยเป็นแม่ทัพ ที่มีความสามารถในการศึกกับพม่าครั้งก่อน จึงทรงโปรดให้เป็นผู้จัดการป้องกันพระนคร ทัพพม่าจึงตีหักเข้าพระนครได้ เมื่อวันที่ ๗ สิงหาคม พ.ศ.๒๑๑๒ หลังจากล้อมพระนครไว้ถึงเก้าเดือน
พม่าเข้ายึดทรัพย์สิน และกวาดต้อนผู้คนกลับไปพม่าเป็นจำนวนมาก รวมทั้งสมเด็จพระมหินทร์ ฯ พระบรมวงศานุวงศ์ และขุนนางน้อยใหญ่ ก็ได้นำไปกรุงหงสาวดีด้วย
สมเด็จพระมหินทร์ ฯ ทรงพระประชวรและเสด็จสวรรคตระหว่างทาง เมื่อปี พ.ศ.๒๑๑๒ พระชนมายุได้สามสิบพรรษา ครองราชย์ได้ ๑ ปี
สมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราช
สมเด็จพระมหาธรรมราชาหรืออีกพระนามหนึ่งว่า สมเด็จพระสรรเพชญ์ที่ ๑ เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๕๘ พระราชบิดาเป็นเชื้อสายราชวงศ์พระร่วง แห่งกรุงสุโขทัย พระราชมารดาเป็นพระญาติฝ่ายพระราชชนนี สมเด็จพระไชยราชาธิราช แห่งราชวงศ์สุวรรณภูมิ พระองค์ทรงรับราชการเป็นที่ขุนพิเรนทรเทพ เจ้ากรมตำรวจรักษาพระองค์ หลังจากที่เหตุการณ์วุ่นวายในราชสำนักยุติลง และพระเฑียรราชาได้ขึ้นครองราชย์เป็นสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๙๑ แล้วขุนพิเรนทรเทพ ได้รับสถาปนาขึ้นเป็นสมเด็จพระมหาธรรมราชา แล้วได้รับโปรดเกล้าให้ไปครองเมืองพิษณุโลก สำเร็จราชการหัวเมืองฝ่ายเหนือ มีศักดิ์เทียบเท่าพระมหาอุปราช ได้รับพระราชทานพระวิสุทธิกษัตรี พระราชธิดาในสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์เป็นพระอัครมเหสี ต่อมามีพระราชโอรสและพระราชธิดาสามพระองค์คือ
พระสุพรรณเทวี หรือพระสุพรรณกัลยา ซึ่งต่อมาสมเด็จพระมหาธรรมราชา ได้ถวายเป็นพระมเหสีของพระเจ้าบุเรงนอง เมื่อปี พ.ศ.๒๑๑๒ เมื่อพระชนมพรรษาได้ ๑๗ พรรษา เพื่อขอสมเด็จพระนเรศวรมาช่วยงานของพระองค์
องค์ที่สองคือ พระองค์ดำ หรือสมเด็จพระนเรศวร เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๙๘ พระเจ้าบุเรงนองได้ขอไปอยู่ที่กรุงหงสาวดี ตั้งแต่พระชนมายุได้ ๙ พรรษา เมื่อพระชนมายุได้ ๑๕ พรรษา สมเด็จพระมหาธรรมราชา ฯ ได้ขอตัวมาช่วยงานของพระองค์ และทรงตั้งให้เป็นพระมหาอุปราช ไปครองเมืองพิษณุโลก ดูแลหัวเมืองเหนือทั้งปวง
องค์ที่สามคือ พระองค์ขาว หรือพระเอกาทศรถ ประสูติเมื่อประมาณปี พ.ศ.๒๑๐๐
ในปี พ.ศ.๒๑๐๖ เกิดสงครามช้างเผือกกับพม่า สมเด็จพระมหาธรรมราชาได้ป้องกันเมืองพิษณุโลกเป็นสามารถ ทางกรุงศรีอยุธยาส่งกำลังไปช่วยไม่ทัน พม่าล้อมเมืองพิษณุโลกไว้จนเสบียงอาหารในเมืองขาดแคลน จึงได้ยอมอ่อนน้อมต่อพม่า พระเจ้าบุเรงนองจึงได้แต่งตั้งให้สมเด็จพระธรรมราชาเป็นพระศรีสรรเพชญ์ ครองเมืองพิษณุโลกดังเดิม แต่อยู่ในฐานะเป็นหัวเมืองประเทศราชของพม่า กับขอสมเด็จพระนเรศวรไปอยู่ที่หงสาวดี
ในปี พ.ศ.๒๑๑๒ พระเจ้าบุเรงนองได้ยกทัพมาตีกรุงศรีอยุธยาอีกครั้ง โดยได้เกณฑ์หัวเมืองทางเหนือรวมทั้งเมืองพิษณุโลกมาร่วมสงครามด้วย
ในวันศุกร์ขึ้นหกค่ำ เดือนสิบสอง ปีมะเส็ง พ.ศ.๒๑๑๒ พระเจ้าบุเรงนองได้อภิเษกให้สมเด็จพระมหาธรรมราชา ฯ ขึ้นเป็นกษัตริย์ครองกรุงศรีอยุธยา ในฐานะประเทศราช ทรงพระนามว่า สมเด็จพระสรรเพชญ์ที่ ๑ บางแห่งเรียก พระสุธรรมราชา เป็นต้นราชวงศ์สุโขทัย
สมเด็จพระมหาธรรมราชา ฯ ครองกรุงศรีอยุธยาในฐานะประเทศราชของพม่าอยู่ถึง ๑๕ ปี จนถึง พ.ศ. ๒๑๒๗ สมเด็จพระนเรศวร องค์รัชทายาทก็ได้ทรงประกาศอิสระภาพ
ในห้วงระยะเวลา ๑๐ ปี แรกในรัชสมัยของพระองค์ กัมพูชาได้ส่งกำลังมาโจมตีหัวเมืองทางตะวันออกและรุกเข้ามาถึงชานพระนคร แต่ฝ่ายไทยก็สามารถต่อสู้ขับไล่เขมรกลับไปได้ พระองค์ทรงเห็นเป็นโอกาสในการป้องกันพระนคร จึงได้บูรณะซ่อมแซมกำแพงและป้อมต่าง ๆ รอบพระนครให้แข็งแรงขึ้น กล่าวคือ ในปี พ.ศ. ๒๑๒๓ ได้โปรดเกล้า ฯ ให้ขุดคูพระนครทางด้านทิศตะวันออก หรือคูขี่อหน้า ซึ่งแต่เดิมแคบข้าศึกสามารถเข้ามาสู่พระนครได้สะดวกกว่าด้านอื่น โปรดเกล้า ฯ ให้รื้อกำแพงพระนครด้านทิศตะวันออก แล้วสร้างให้ไปจรดริมฝั่งแม่น้ำเช่นเดียวกับด้านอื่น ๆ ทรงสร้างป้อมมหาชัย ตรงบริเวณที่แม่น้ำเจ้าพระยากับแม่น้ำป่าสัก ไหลมาบรรจบกัน และสร้างพระราชวังจันทร์เกษม (วังหน้า) สำหรับใช้เป็นที่ประทับของสมเด็จพระนเรศวร ไว้คอยสกัดกั้นทัพข้าศึกที่เข้าโจมตีพระนครทางด้านทิศตะวันออก
สมเด็จพระนเรศวรมหาราช
สมเด็จพระนเรศวรมหาราช เป็นพระราชโอรสในสมเด็จพระมหาธรรมราชากับพระวิสุทธิกษัตรี เสด็จพระราชสมภพ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๙๘ ที่เมืองพิษณุโลก พระนามเดิม พระองค์ดำ หรือพระนเรศวร มีพระเชษฐภคินี คือ พระสุพรรณเทวี และพระอนุชา คือ สมเด็จพระเอกาทศรถ (พระองค์ขาว)
หลังจากเสียกรุงแก่พม่า เมื่อปี พ.ศ.๒๑๑๒ สมเด็จพระมหาธรรมราชาได้ขึ้นเป็นพระมหากษัตริย์ครองกรุงศรีอยุธยา เขมรเห็นเป็นโอกาสที่ไทยอ่อนแอ จึงได้ยกทัพมาปล้นสดมภ์และกวาดต้อนผู้คนบริเวณชายพระนคร สมเด็จพระมหาธรรมราชาจึงได้ขอตัวสมเด็จพระนเรศวรจากหงสาวดี กลับมาช่วยป้องกันบ้านเมือง เมื่อพระชนมายุได้ ๑๕ พรรษา หลังจากที่พระองค์ได้เสด็จไปประทับที่หงสาวดี หลังสงครามช้างเผือกตามคำทูลขอของพระเจ้าบุเรงนอง ตั้งแต่พระชนมายุได้ ๙ พรรษา
สมเด็จพระมหาธรรมราชาได้โปรดเกล้า ฯ ให้สมเด็จพระนเรศวรเป็นพระมหาอุปราช ปกครองหัวเมืองทางเหนือ และประทับอยู่ที่เมืองพิษณุโลก ตั้งแต่ปี พ.ศ.๒๑๑๔ ตลอดรัชสมัยสมเด็จพระมหาธรรมราชา สมเด็จพระนเรศวรทรงเป็นกำลังสำคัญในการป้องกัน และกอบกู้บ้านเมืองจากข้าศึกทั้งเขมรและพม่า ในปี พ.ศ.๒๑๒๗ พระองค์ได้ทรงประกาศอิสรภาพของกรุงศรีอยุธยาจากอำนาจของพม่า หลังจากที่ตกอยู่ในอำนาจพม่าเป็นเวลา ๑๕ ปี
เมื่อสมเด็จพระมหาธรรมราชา เสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๒๑๓๓ พระองค์ได้เสด็จขึ้นครองราชย์เมื่อวันอาทิตย์ที่ ๒๙ กรกฎาคม พ.ศ.๒๑๓๓ เมื่อพระชนมายุได้ ๓๕ พรรษา ทรงพระนามว่า สมเด็จพระนเรศวร หรือสมเด็จพระสรรเพชญ์ที่ ๒ และโปรดเกล้า ฯ ให้พระเอกาทศรถ พระราชอนุชา ขึ้นเป็นพระมหาอุปราช แต่มีศักดิ์เสมอพระมหากษัตริย์อีกพระองค์หนึ่ง
ตลอดรัชสมัยของพระองค์ทรงกอบกู้กรุงศรีอยุธยาจากพม่า และได้ทำสงครามกับอริราชศัตรูทั้งพม่าและเขมร จนราชอาณาจักรไทยเป็นปึกแผ่นมั่นคง ขยายพระราชอาณาเขตออกไปอย่างกว้างใหญ่ไพศาลกว่าครั้งใดในอดีตที่ผ่านมา งานสงครามในรัชสมัยของพระองค์ ทั้งในดินแดนไทยและดินแดนข้าศึก ได้ชัยชนะทุกครั้ง ทรงมีพระปรีชาสามารถในการนำทัพ ทรงริเริ่มนำยุทธวิธีแบบใหม่มาใช้ในการทำสงคราม และเปลี่ยนแนวความคิดจากการตั้งรับมาเป็นการรุก และริเริ่มการใช้วิธีรบนอกแบบ
การสงครามกับพม่าครั้งสำคัญที่ทำให้พม่าไม่กล้ายกทัพมารุกรานไทยอีกเลย เป็นเวลาเกือบสองร้อยปีคือ สงครามยุทธหัตถี เมื่อปี พ.ศ.๒๑๓๕ การสงครามในขั้นต่อไปหลังจากนั้นของพระองค์คือ การรุกเข้าไปในดินแดนของข้าศึก เริ่มจากการตีเมืองทวาย และตะนาวศรี คืนกลับมาจากพม่าหลังจากสงครามยุทธหัตถี การยกไปตึเมืองเขมรในเวลาต่อมา ยึดเมืองละแวกของเขมรได้ ในปี พ.ศ.๒๑๔๒ พระองค์ยกกองทัพไปปราบปรามมอญแล้วยกขึ้นไปตีเมืองหงสาวดี แต่พระเจ้าตองอูได้นำเสด็จพระเจ้าหงสาวดีหนีไปเมืองตองอูก่อน คงทิ้งให้เมืองหงสาวดีร้างก่อนที่พระองค์จะนำทัพไปถึงไม่นาน
รายละเอียดของงานด้านการทหารของพระองค์มีอยู่ในเรื่องราชการสงครามในสมเด็จพระนเรศวรมหาราช
สมเด็จพระนเรศวรโปรดให้ปรับปรุงการปกครองหัวเมืองใหม่เป็นการรวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลาง ยกเลิกระบบเมืองพระยามหานคร จัดแบ่งหัวเมืองเป็นหัวเมืองชั้นเอก ชั้นโท และชั้นตรี ยกเลิกการให้เจ้านายไปปกครองเมืองเหล่านี้ แล้วให้ขุนนางไปปกครองแทน
สมเด็จพระนเรศวรเสด็จสวรรคต ขณะที่พระองค์ทรงยกกองทัพไปตีเมืองอังวะ เมื่อเสด็จถึงเมืองหาง พระองค์ทรงประชวรเป็นฝีละลอกขึ้นที่พระพักตร์กลายเป็นพิษ เมื่อวันที่ ๒๕ เมษายน พ.ศ. ๒๑๔๘ พระชนมายุได้ ๕๐ พรรษา ครองราชย์ได้ ๑๕
สมเด็จพระเอกาทศรถ
สมเด็จพระเอกาทศรถ หรืออีกพระนามหนึ่งว่า พระสรรเพชญ์ที่ ๓ พระนามเดิมว่า พระองค์ขาว เสด็จพระราชสมภพ ณ เมืองพิษณุโลก เป็นพระราชโอรสองค์สุดท้ายในสมเด็จพระมหาธรรมราชา กับพระวิสุทธิกษัตรี
หลังจากที่สมเด็จพระนเรศวรทรงประกาศอิสรภาพที่เมืองแครง เมื่อปี พ.ศ.๒๑๒๗ สมเด็จพระเอกาทศรถก็ได้เสด็จออกร่วมทำการรบคู่กับสมเด็จพระนเรศวร ได้โดยเสด็จในการทำศึกสงครามด้วยทุกครั้งนับแต่นั้นมาจนสิ้นรัชสมัยสมเด็จพระนเรศวร ฯ เป็นจำนวนถึง ๑๗ ครั้ง
ในรัชสมัยสมเด็จพระนเรศวร ฯ พระองค์ได้โปรดเกล้า ฯ ให้สถาปนาพระเอกาทศรถ เป็นสมเด็จพระเอกาทศรถ ที่พระมหาอุปราชา แต่ให้มีพระเกียรติยศเสมอพระเจ้าแผ่นดิน
เมื่อสมเด็จพระนเรศวรเสด็จสวรรคตในปี พ.ศ.๒๑๔๘ พระองค์ก็ได้ขึ้นครองราชย์ต่อจากสมเด็จพระนเรศวร ในปีเดียวกันในรัชสมัยของพระองค์ บ้านเมืองเป็นปกติสุข เป็นที่เคารพยำเกรงแก่ประเทศเพื่อนบ้าน อันเป็นผลจากการที่สมเด็จพระนเรศวร และพระองค์เองได้ทรงสร้างอานุภาพ ของราชอาณาจักรอยุธยาไว้อย่างยิ่งใหญ่ มีพระราชอาณาเขตแผ่ออกไปอย่างกว้างใหญ่ไพศาล พระองค์ไม่มีพระราชประสงค์จะแผ่พระราชอาณาเขตออกไปอีก
ในรัชสมัยของพระองค์ได้มีการยอมรับชาวต่างชาติเข้ามาเป็นทหาร เรียกว่า ทหารอาสา โดยได้จัดแบ่งออกเป็นพวก ๆ ตามเชื้อชาติ และตามความชำนาญในการรบ เกิดหน่วยทหารอาสาขึ้นหลายหน่วย เช่น กรมอาสาญี่ปุ่น กรมอาสาจาม กรมทหารแม่นปืน (โปรตุเกส) นอกจากนั้นในรัชสมัยของพระองค์ ยังมีชื่อเสียงในด้านความสามารถหล่อปืนใหญ่สำริดที่มีคุณภาพสูง ซึ่งน่าจะได้เรียนรู้มาจากโปรตุเกสและฮอลันดา เมื่อมาผสมผสานกับขีดความสามารถ ในด้านการหล่อโลหะของไทยที่มีการหล่อ ระฆังและพระพุทธรูป ที่มีมาแต่เดิม จึงทำให้การหล่อปืนใหญ่ของไทยในครั้งนั้นเป็นที่ยกย่องชมเชยไปถึงต่างประเทศ ดังจะเห็นได้จากการที่โชกุนของญี่ปุ่น ได้มีหนังสือชมเชยคุณสมบัติของปืนใหญ่ไทยเป็นอันมาก พร้อมกับขอให้ไทยช่วยหล่อปืนใหญ่ให้อีกด้วย
สมเด็จพระเอกาทศรถมีพระราชโอรสที่ประสูติจากพระอัครมเหสี สององค์คือ เจ้าฟ้าสุทัศน์ และเจ้าฟ้าศรีเสาวภาค และมีพระราชโอรสที่ประสูติจากพระสนม อีกสามองค์คือ พระอินทรราชา พระศรีศิลป์ และพระองค์ทอง
สมเด็จพระเอกาทศรถเสด็จสวรรคตเมื่อปี พ.ศ.๒๑๕๓ พระชนม์พรรษาได้ ๕๐ พรรษาเศษ ครองราชย์ได้ห้าปี
พระศรีเสาวภาคย์
พระศรีเสาวภาคย์ หรืออีกพระนามหนึ่งว่า พระสรรเพชญ์ที่ ๔ พระนามเดิมว่า เจ้าฟ้าศรีเสาวภาคย์ เป็นพระราชโอรสพระองค์ที่สองในสมเด็จพระเอกาทศรถ แต่เจ้าฟ้าสุทัศน์ซึ่งทรงดำรงตำแหน่งพระมหาอุปราชได้เสวยยาพิษสิ้นพระชนม์ พระองค์จึงได้รับทูลเชิญให้ขึ้นครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๒๑๕๓ ทรงพระนามว่า สมเด็จพระสรรเพชญ์ที่ ๔
ในรัชสมัยของพระองค์ ได้เกิดเหตุการณ์ร้ายแรงขึ้นในแผ่นดิน โดยพวกเรือญี่ปุ่นที่เข้ามาค้าขาย ได้ปล้นราษฎร ได้บุกเข้าไปในพระนคร และเข้าไปในพระราชวัง จับพระศรีเสาวภาคย์ และบังคับให้ทรงปฏิญาณสัญญาว่ามิให้ผู้ใดทำร้ายพวกญี่ปุ่น แล้วได้ลงเรือแล่นหนีออกทะเล โดยนำตัวพระสังฆราชไปเป็นตัวประกันจนถึงปากน้ำ
พระศรีเสาวภาคย์ครองราชย์อยู่ได้ปีสองเดือนก็เสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๒๑๕๔ พระบรมศพถูกนำไปฝังที่วัดโคกพระยา
สมเด็จพระเจ้าทรงธรรม
สมเด็จพระเจ้าทรงธรรม มีพระนามเดิมว่า พระอินทราชา เป็นพระราชโอรสในพระเอกาทศรถ ก่อนหน้าที่สมเด็จพระเอกาทศรถจะเสด็จสวรรคต พระอินทราชาได้เสด็จออกผนวชอยู่จนถึงรัชสมัยพระศรีเสาวภาคย์ เมื่อพระศรีเสาวภาคย์เสด็จสวรรคตแล้ว พระศรีศิลป์และบรรดาเจ้านายขุนนาง ได้พร้อมใจกันอัญเชิญพระอินทราชาให้ทรงลาผนวช และขึ้นครองราชย์ เมื่อปี พ.ศ.๒๑๕๔ พระชนมายุได้ ๒๙ พรรษา ทรงพระนาม พระเจ้าทรงธรรม หรือพระสรรเพชญ์ที่ ๕ พระองค์ได้ทรงแต่งตั้งพระศรีศิลป์ ผู้เป็นพระอนุชา ขึ้นเป็นพระมหาอุปราช ครองเมืองพิษณุโลก
สมเด็จพระเจ้าทรงธรรมทรงเป็นนักปราชญ์ รอบรู้ในวิชาการหลายด้าน มีความเลื่อมใสศรัทธาในพระพุทธศาสนา ทรงประพฤติราชธรรมอย่างมั่นคง เป็นที่รักใคร่นับถือของบรรดาราษฎรและชาวต่างชาติ พระองค์ไม่นิยมการศึกสงคราม ทรงเจริญรอยตามสมเด็จพระเอกาทศรถ ในด้านการปกครองบ้านเมือง ทรงมีพระราชโอรสที่ประสูติแต่พระมเหสี คือ พระเชษฐาธิราชกุมาร กับพระอาทิตยวงศ์
พระกรณียกิจส่วนใหญ่ของพระองค์ มุ่งส่งเสริมทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาในด้านต่าง ๆ เช่น โปรดเกล้า ฯ ให้คัดลอกพระไตรปิฎกฉบับสมบูรณ์เป็นจำนวนมาก ทรงให้นักปราชญ์ราชบัณฑิตแต่งมหาชาติคำหลวงถวาย นับเป็นวรรณคดีชิ้นสำคัญของสมัยอยุธยา ได้มีผู้พบรอยพระพุทธบาทบนยอดเขาสุวรรณบรรพต แขวงเมืองสระบุรี พระองค์ได้โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างมณฑปครอบรอบพระพุทธบาท พร้อมทั้งสร้างพระอุโบสถ พระวิหารการเปรียญ กับกุฏิสงฆ์ ถวายให้เป็นสมบัติในพระพุทธศาสนา พระพุทธบาทสระบุรี จึงมีความสำคัญ เป็นที่รู้จักอย่างกว้างขวางของพุทธศาสนิกชนตั้งแต่นั้นมาตราบถึงปัจจุบัน
พระองค์ทรงมีสัมพันธไมตรีกับบรรดาต่างประเทศที่เข้ามาติดต่อค้าขายกับไทย ทำให้กรุงศรีอยุธยาเป็นเมืองท่าที่สำคัญในภูมิภาคแถบนี้ของโลก ชาวต่างประเทศ โดยเฉพาะฮอลันดา อังกฤษและญี่ปุ่น ที่เข้ามาติดต่อค้าขายกับไทยตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระนเรศวร ฯ และสมเด็จพระเอกาทศรถ พระองค์ก็ได้โปรดเกล้า ฯ พระราชทานที่ดินบริเวณปากแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันตก ริมคลองปลากด เหนือเมืองสมุทรปราการ ให้ชาวฮอลันดาตั้งคลังสินค้า และในปี พ.ศ.๒๑๑๕ พระเจ้าเจมส์ที่ ๑ แห่งอังกฤษ ได้มีพระราชสาส์นทูลสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม เพื่อขอพระราชทานพระบรมราชานุญาติให้พ่อค้าชาวอังกฤษเข้ามาค้าขายที่กรุงศรีอยุธยาได้สะดวก ส่วนชาวญี่ปุ่น ปรากฏว่ามีชาวญี่ปุ่นสมัครเข้ารับราชการที่กรุงศรีอยุธยาเป็นจำนวนมาก จนได้มีการจัดตั้งกรมอาสาญี่ปุ่น ขึ้นมาช่วยราชการกรุงศรีอยุธยา ชาวญี่ปุ่นที่มีบทบาทสำคัญในวงการเมืองในรัชสมัยของพระองค์ คือ ยามาดะ นางามาซะ ซึ่งต่อมาได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์เป็นออกญาเสนาภิมุข
เนื่องจากพระองค์ไม่นิยมการทำสงคราม ด้วยเหตุนี้กรุงศรีอยุธยาจึงต้องเสียเมืองทวาย อันเป็นเมืองท่าที่สำคัญทางตะวันตก
ในทะเลอันดามัน พม่ายกกำลังมาตีเมืองทวายได้เมื่อปี พ.ศ.๒๑๖๕ ต่อมากัมพูชา และเมืองเชียงใหม่ ซึ่งเคยเป็นประเทศราช ของไทยมาตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระนเรศวร ฯ ต่างก็พากันแข็งเมืองไม่ยอมขึ้นกับกรุงศรีอยุธยา
ตอนปลายรัชสมัยของพระองค์ ขณะที่พระองค์ทรงประชวรหนัก มีพระราชประสงค์จะมอบราชสมบัติให้พระราชโอรสองค์ใหญ่ คือ พระเชษฐาธิราชกุมาร และทรงแต่งตั้งให้เป็นพระมหาอุปราช โดยทรงมอบให้ออกญาศรีวรวงศ์ จางวางมหาดเล็ก ซึ่งเป็นพระญาติที่ไว้วางพระทัย เป็นผู้ดูแลพระเชษฐาธิราช จนกว่าจะได้ครองราชย์
สมเด็จพระเจ้าทรงธรรมเสด็จสวรรคต เมื่อปี พ.ศ.๒๑๗๑ ครองราชย์ได้ ๑๗ ปี
